BLUE REFLECTION: Second Light följer äventyren för de tre studenterna Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo och Yuki Kinjou. De transporteras plötsligt till en mystisk flytande akademi och bestämmer sig för att leta efter ledtrådar för att hitta ett sätt att återvända hem. Utan några minnen minns de bara sina namn. En dag upptäcker de en väg till en ny värld, men när de försöker lösa mysteriet attackeras de omedelbart av en hord blodtörstiga monster. Genom att konfrontera dessa onda varelser låser de upp krafter som hittills varit okända, vilket bara ökar den gåtfulla karaktären i deras omgivning.