BLUE REFLECTION: Second Light urmărește aventurile a trei studente, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo și Yuki Kinjou. Transportate brusc la o academie plutitoare misterioasă, ele decid să caute indicii pentru a găsi o cale de a se întoarce acasă. Fără nicio amintire, își amintesc doar numele. Într-o zi descoperă o cale către o lume nouă, dar când încearcă să dezlege misterul, sunt atacate imediat de o hoardă de monștri însetați de sânge. Confruntându-se cu aceste creaturi malefice, ele deblochează puteri necunoscute până acum, ceea ce nu face decât să sporească caracterul enigmatic al mediului în care se află.