BLUE REFLECTION: Second Light śledzi przygody trzech uczennic: Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo i Yuki Kinjou. Nagle przeniesione do tajemniczej pływającej akademii, postanawiają szukać wskazówek, aby znaleźć sposób na powrót do domu. Pozbawione wspomnień, pamiętają tylko swoje imiona. Pewnego dnia odkrywają drogę do nowego świata, ale kiedy próbują rozwikłać tajemnicę, zostają natychmiast zaatakowane przez hordę krwiożerczych potworów. Stawiając czoła tym złym stworzeniom, odblokowują nieznane dotąd moce, co tylko potęguje zagadkowy charakter ich otoczenia.