Το BLUE REFLECTION: Second Light ακολουθεί τις περιπέτειες τριών μαθητριών, των Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo και Yuki Kinjou. Μεταφέρονται ξαφνικά σε μια μυστηριώδη πλωτή ακαδημία και αποφασίζουν να αναζητήσουν στοιχεία για να βρουν έναν τρόπο να επιστρέψουν στο σπίτι τους. Χωρίς καμία ανάμνηση, θυμούνται μόνο το όνομά τους. Μια μέρα ανακαλύπτουν ένα μονοπάτι προς έναν νέο κόσμο, αλλά όταν προσπαθούν να ξεδιαλύνουν το μυστήριο, δέχονται αμέσως επίθεση από μια ορδή αιμοδιψών τεράτων. Αντιμετωπίζοντας αυτά τα κακά πλάσματα, ξεκλειδώνουν άγνωστες μέχρι τώρα δυνάμεις, γεγονός που αυξάνει μόνο τον αινιγματικό χαρακτήρα του περιβάλλοντός τους.