BLUE REFLECTION: Second Light følger tre studerendes eventyr, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo og Yuki Kinjou. Pludselig transporteret til et mystisk flydende akademi, beslutter de sig for at lede efter spor for at finde en vej hjem. Uden nogen erindringer husker de kun deres navne. En dag opdager de en vej til en ny verden, men når de forsøger at opklare mysteriet, bliver de straks angrebet af en horde af blodtørstige monstre. Ved at konfrontere disse onde væsner låser de op for hidtil ukendte kræfter, hvilket kun øger deres omgivelsers gådefulde karakter.