BLUE REFLECTION: Second Light sleduje dobrodružství tří studentek, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo a Yuki Kinjou. Náhle přeneseny do tajemné plovoucí akademie, rozhodnou se hledat stopy, aby našly cestu domů. Bez jakýchkoli vzpomínek si pamatují pouze svá jména. Jednoho dne objeví cestu do nového světa, ale když se pokusí záhadu rozluštit, jsou okamžitě napadeny hordou krvelačných monster. Při střetu s těmito zlými stvořeními odemknou dosud neznámé síly, což jen zvyšuje záhadnou povahu jejich okolí.